アフィリナビＰＲＯシステムは、無料でインストール代行も含まれておりますが、独自で設置をご選択された場合でも、簡易にインストールが完了できるようにインストーラがあります。
マニュアルにも記載があります。

先ず、アフィリナビプログラムの圧縮ファイルを取得されましたら、ローカルコンピュータの適当なフォルダに保存して、解凍します。
仕様に応じて、phpの動作設定を変更したい場合には、.heaccessなどのファイルをこの時点で変更します。

そのファイルを一式アップロードいたします。

例えば、af/ や affiliate/ というフォルダを作ってその中がよろしいかと思います。

所定のＵＲＬを打っていただくと以下のような画面が現れます。

規約に同意していただくと、次にフォルダパーミッション設定に移ります。

フォルダごとに適切なパーミッションを設定していただきます。
なお、パーミッションは運用するサーバの仕様によって異なりますので、サーバにあわせた設定が必要となります。

以上が終わると、インストールが始まります。
パーミッションが適切でないと、システムで書き込みができない場合がございますので、その場合にはエラーの内容により、設定の見直しをしてください。

ファイルのインストールが終わりましたら、次にデータベースの設定をします。
一旦、管理者画面からログインしていただき、
セットアップ　＞　データベースセットアップを選択します。

使用データベースはMySQLです。MySQLアカウントは事前に作成しておく必要がございます。
上記画面で、MySQLのデータベース情報を入力します。

すべて入力し終えたら、画面を進め、データベースインストールを完了させます。
接続できないなどの場合には、その旨エラーメッセージが出ますので、エラーに従い対処します。

以上滞りなく、インストールできれば、セットアップ完了となります。